改革事业单位工资制度，建立符合事业单位特点，体现岗位绩效和分级分类管理的收入分配制度，是落实科学发展观和构建社会主义和谐社会的要求，也是深化事业单位改革的重要内容，对于理顺分配关系、规范分配秩序、构建和谐的收入分配格局，具有重要意义。如何建立一套新的既坚持按劳分配、又体现效益和公平原则的绩效工资分配制度，成为亟待探索的一个问题。
      一、事业单位收入分配制度的现状及问题
      实行了岗位绩效工资制度，但不够完善。目前，所有事业单位工作人员均已分别按不同岗位、不同资历套改了岗位工资和薪级工资，艰苦边远地区津贴和特殊岗位津贴补贴也已按照国家批准的范围实施到位。但是，对于事业单位绩效工资，国家未出台具体的管理办法，虽然已经将津贴补贴和一个月基本工资纳入了绩效工资，但在具体单位里仍是按照公务员的管理办法发放，没有体现按实绩和贡献进行分配，不能真正调动工作人员的积极性。
      部分事业单位自行制定了按绩效进行收入分配的办法，但不够规范。教育和卫生两个行业的工作人员，在事业单位总人员中所占比例相当大。据调查，大部分教育卫生部门工作人员的收入总体水平高于公务员水平。但是，这些部门的自主分配办法缺乏国家政策的规范和制约，也缺乏主管部门的有效监督，在系统内部工作人员中往往产生收入差距拉大的现象，也不排除因人为因素而产生收入不平衡，部分工作人员意见较大。其他事业单位目前仍参照公务员的分配办法，收入分配中活的部分没有搞活，分配激励机制难以形成。
      事业单位工作人员的收入普遍提高，但不够平衡。事业单位有较为灵活的分配机制，同时，部分事业单位因事业的发展，通过提供社会服务、咨询、培训、中介等获得一定的经济来源，解决了工作人员的收入问题，总体来说，收入有了普遍提高。但是也有部分差额或自收自支的事业单位(如乡镇事业站所)，工作人员仅靠财政给的一部分补助过日子，收入相当低。事业单位之间的收入不平衡，同样对收入分配制度改革造成了一定的阻力和压力。