故事是从位于东京地下的“黑上之馆”开始的。
这个馆的大时钟，从很久以前就封印着一个叫“逢魔”的魔物，具有名为“音使”的力量，被黑上一族所守护着。
黑上一族的下任族长黑上西格玛，平日里以学生的身份过着平静的日子。
但是，刹那之后，世界便失去了一切————。
世界化为废墟，逢魔笼罩着天空，人的存在被抹杀而去。
残存下来的，只有西格玛和“卡片使”月弓霓虹。
“过去被重新书写了”
认为因为过去被谁从新书写了，世界才会突然变得不一样的西格玛等人，为了取回未来而穿越时空前去调查。
一次次被重复的凄惨的杀人事件。完全不认识的过去。
这个世界到底发生了什么？
为了了解真相的故事，就在现在开始.......
《西格玛和声》的主要故事是描述了一位一直过着和平的学生生活的主人公——“黑上西格玛”。他突然不知道为什么来到了荒废的世界。《西格玛和声》就是在这片废墟的世界上进行“解谜”，回复正常世界的新感觉推理AVG和RPG融合的游戏。
游戏主要是以主人公黑上西格玛所居住的“黑上洋馆”作为游戏舞台。虽然这是一幢占据着巨大面积的洋馆，但是却因为过去历史的改变影响而荒废，历史记载也不知道被什么人所更换，在过去出现了很多骇人听闻的惨剧。主人公西格玛和他的同伴“月弓祢音”，为了取回属于自己的正确的未来而来回奔走调查，解开这些事件的谜底。同时在探索过程中还会与“逢魔”发生战斗，获得经验值令角色成长，这种在AVG的冒险要素中添加的RPG要素，令人眼前一亮。
在游戏中贯彻着整个剧情的重要道具“刻音”则是西格玛将重要信息利用“声音”变化而成的道具。将这些收集而来的刻音在推理部分中出现的盘面镶嵌上去，就能够进行推理，解开事件的谜底和真相。
